6천300억원 규모의 법인세 반환 여부를 놓고 미국 마이크로소프트(MS)와 한국 국세청이 벌여온 소송전에서 대법원이 MS 측의 손을 들어준 원심을 파기했다.
대법원 3부(주심 김재형 대법관)는 10일 MS사와 MS라이센싱(MS의 100% 자회사)이 동수원세무서를 상대로 낸 법인세 경정 거부처분 취소소송 상고심에서 MS 측의 승소로 판단한 원심을 깨고 사건을 수원고법으로 돌려보냈다.

재판부는 "원심은 `(MS 측이 받은) 특허권 사용료에 국내원천소득으로서 원천징수대상인 저작권, 노하우, 영업상의 비밀 등의 사용 대가가 포함돼 있다'는 피고(세무당국)의 주장을 심리·판단했어야 한다"고 밝혔다.

대법원은 다만 "미국 법인의 국내 미등록 특허권 사용료는 국내원천소득에 해당하지 않는다고 판단한 것은 정당하다”고 덧붙였다. 미국 법인의 국내 미등록 특허권을 국내원천소득으로 잡을 수 없으니 초과 납부한 법인세를 돌려주는 것은 맞지만, MS의 소득으로 잡힌 사용료에는 국내 미등록 특허권만이 아니라 기술 등이 포함돼있는데 2심이 이를 따지지 않아 잘못된 판결을 내렸다는 취지다.

세무당국은 그간 MS가 법인세 반환을 요구한 근거인 `특허' 개념에 특허권이 아닌 저작권이나 노하우까지 혼재돼 있어 구체적인 자료가 제출돼야 한다는 입장이었다. 대법원이 이 주장에 수긍함에 따라 다시 열릴 2심 재판에서는 환급 법인세가 다소 줄어들 가능성이 생겼다.
4년 넘게 이어진 이번 소송의 발단은 2011년 MS와 삼성전자 간의 계약이다.
MS는 당시 삼성전자에 안드로이드 기반 스마트기기 사업에 필요한 특허 사용권을 부여하고 사용료(로열티)를 받는 계약을 체결했다. MS나 MS 자회사들이 장래에 소유·통제할 특허까지 모두 포함하는 계약이다.

이후 삼성전자는 2012∼2015년 MS라이센싱의 계좌로 특허권 사용료를 보낸다. 4년 동안의 특허권 사용 대가는 약 4조3,582억원이었는데, 삼성전자는 한미조세협약에 따라 전체 금액의 15%인 6,537억원가량을 MS 측의 법인세로 세무당국에 납부(원천징수)했다. 특허 사용료를 주면서 일부를 세금으로 떼어놓은 셈이다.

MS는 2016년 세무당국에 '특허권 사용료 중 한국에 등록되지 않은 특허권 사용 대가는 국내 원천소득이 아니므로 원천징수 세액을 환급해야 한다'는 경정 청구를 한다.
2015년 기준 5만4천600여건인 MS의 전체 특허 중에서 국내에 등록된 특허는 1,733건이었다.
MS는 이를 토대로 원천징수세액 약 6,537억원 가운데 6,344억원을 돌려달라고 요구했으나 세무당국이 경정을 거부하자 2017년 소송을 제기했다.

1심과 2심은 한미조세조약을 적용하면 MS가 한국에 등록하지 않은 특허권의 사용료는 국내 원천소득으로 볼 수 없다며 MS 측의 손을 들었다.
법인세법은 외국법인이 국내에 등록하지 않은 특허권에 대한 사용료도 국내 원천소득으로 보도록 하지만, 국제조세조정법은 국내 원천소득을 구분할 때 조세조약을 우선 적용한다고 규정하기 때문이다.

하급심은 MS 측이 세액을 초과해 낸 법인세를 6천337억원으로 계산했다. 경정 청구액에서 국내 등록 특허권 부분 7억원을 더 덜어낸 금액이다.
아울러 1심과 2심은 특허권 사용료를 지급받은 주체가 MS가 아니므로 경정 청구권은 MS라이센싱에게만 있다고 봤으나 대법원은 "소득의 실질귀속자는 과세표준과 세액의 경정을 청구할 수 있다”며 MS도 청구가 가능하다는 판단을 내놨다.

세무사신문 제814호(2022.2.16.)

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